鄂尔多斯市疾病预防控制中心，前身是鄂尔多斯市防疫站。始建于1957年，对外挂牌鄂尔多斯市防疫站、地方病防治站、职业病防治所、结核病防治所，承担着两站两所的工作职责任务。2003年，随着市场经济的全面推进及与国际接轨的发展需求，市防疫站同全国防疫站一样，将行政执法功能分离出去，成立卫生监督所，防疫站更名为疾病预防控制中心。鄂尔多斯市疾病预防控制中心是集疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导于一体的公共卫生技术服务机构。
中心党委下设四个党支部，包括3个在职支部和一个退休支部。经编委批准中心设有22个科室，其中职能科室4个，业务科室17个，中心检验室1个。现有在编在岗人员132人，其中正高职称34人，副高职称40人，中级职称40人，初级职称16人。其中博士3人，硕士14人，本科67人，其他人员都具有大专或中专以上学历。
近年来，中心积极引进国内外项目及自筹资金，增强基础设施建设，先后引进美国援助中国开展的艾滋病防控项目鄂尔多斯防控点的专项资金；英国赠款、日本援助、比利时达米恩基金会援助的结核病控制项目；引进澳大利亚援助中国开展的计划免疫项目；争取到德国贷款援助我中心疾控工作400多万元人民币的设备购置经费；引进国债资金，同时争取到政府经费建设了已经入住的公共卫生指挥大厦，使得中心的业务工作能力与水平、办公环境和实验条件等得到了极大改善。中心于2011年初整体搬迁至康巴什新区，新建成的中心实验室为生物安全二级，总面积达3000多平方米，实验室具有各种仪器设备300余台（件），总价值达2500余万元。其中主要包括核酸和蛋白电泳全套设备、二维电泳仪、蛋白半干转印仪、凝胶成像系统、普通PCR仪和Real-time PCR仪、蛋白发酵罐、蛋白浓缩与冻干设备、酶标仪、洗板机、核酸蛋白检测仪、核酸杂交炉、高压细胞破碎仪和超声波破碎仪、基因测序仪、超速离心机、全自动免疫组织化学成套设备、超纯水制备系统、分析及制备型液相色谱仪、气相色谱质谱联用仪、气相色谱仪、原子吸收仪、原子荧光仪、流动注射全自动水质分析仪、ICP发射光谱仪、全自动食品微生物鉴定系统、全自动生化分析仪、全自动氨基酸分析仪、冷冻和常温离心机、细胞培养全套设备、菌种储存所需各种冰箱、高压灭菌设备、荧光显微镜、普通光学显微镜和生物解剖镜等。
中心实验室于2009年通过了国家实验室计量认证考核，同时中心实验室还是国家艾滋病筛查中心实验室和国家流感监测网络实验室。目前实验室除能开展国家规定的地市疾病预防控制机构必须开展的各种检验项目外，还可从事诸如基因克隆与蛋白表达、蛋白质纯化与浓缩冻干、基因测序、病毒分离、细胞培养、免疫组化分析等多种科学研究项目。当前中心实验室正在承担家畜疫病病原生物学国家重点实验室开放基金和鄂尔多斯市科技计划项目各1项。申报科技成果1项。此外，2011年共申请国家自然科学基金、内蒙古自治区人才开发基金、人事部留学人员科技活动项目择优资助经费，教育部留学人员回国科研启动经费等共4项，项目均在评审中。中心实验室于2012年底被鄂尔多斯市委组织部和人社局确定为产业创新创业人才团队，同年实验室高金亮博士入选内蒙古自治区“新世纪321人才工程”第二层次人选，被鄂尔多斯市人民政府授予“草原英才”称号。团队研究的饮用水卫生检测平台构建与饮用水安全评估评为2012年鄂尔多斯市科技计划项目，钝顶螺旋藻充足超氧化物歧化酶生产工艺的建立成为内蒙古自治区自然科学基金项目。
中心职业卫生科、中心检验室、鼠疫布病防治科工作已跨入全区领先水平；鼠疫疫区监测工作跻身于全国先进行列；鼠疫实验室曾参与1项国家自然科学基金的研究工作，先后6次荣获国家鼠疫监测先进集体奖，获自治区科技进步三等奖4项，发现2个国际蚤类新种。截止2007年全市8个旗区均实现了消除碘缺乏病的阶段性目标。其中职业卫生科具有职业病危害评级乙级服务资质，3名工作人员取得了国家级的职业病诊断资质，另有2名工作人员具有自治区级的职业病诊断资质。职业卫生科主要从事对我市工矿企业的建档、作业环境职业病诊断等工作。为了能更好的为我市的偏远基层及工矿企业服务，中心于2011年初投资200多万元购置了体检专用车，让普通老百姓和广大工矿企业的职工足不出户就能享受到市疾控中心专家们提供的卫生保健与医疗服务。
2000年至今，中心共获得国家级奖励、荣誉证书3项，自治区级奖励、荣誉证书12项，市委政府及市卫生局等市级奖励、荣誉证书41项，有23项科研成果获奖，1人获鄂尔多斯市青年科技奖，在国家级杂志上发表论文400余篇，在自治区级杂志发表论文500余篇，其中两篇论文获内蒙古自治区青年科技论坛优秀论文二等奖。